El Fondo de la Mariposa Monarca es el resultado de una fusión entre el Fondo de Reforestación de Michoacán (MRF) y de la Fundación Santuario Mariposa Monarca (MBSF).  MRF se estableció como una organización sin fines de lucro en 1997 por Robert L. Small (“Bob”),  un administrador jubilado que se especializa en cuestiones de uso de la tierra. Con la ayuda de Bob, José Luis Álvarez, un jardinero mexicano exitoso y propietario del Vivero La Cruz, creó el Proyecto de Protección del Hábitat La Cruz (LCHPP-México), un proyecto comprometido con la reforestación y la promocion del manejo forestal sustentable en la zona de amortiguamiento de la Reserva , en las tierras altas de Michoacán, México.

MBSF fue fundada en 1996 por el Dr. Lincoln Brower (Sweet Briar College e investigador de la monarca por más de 50 años), Elizabeth Howard (fundadora del programa Journey North) y por la Dra. Karen Oberhauser (Universidad de Minnesota, fundador de Monarchs in the Classroom y del Monarch Larva Monitoring Project). MBSF se ha enfocado en la educación ambiental, el desarrollo económico y la investigación. MBSF involucra tantos socios como sea posible en sus esfuerzos de conservación, por lo tanto desarrolla  relaciones de trabajo sólidas con una multitud de interesados.

En 2009, MBSF y MRF unieron sus fuerzas para maximizar nuestra eficacia en los sitios de hibernación de la mariposa monarca. Creemos que la conservación de estas delicadas áreas será mejor mediante la unión de nuestros esfuerzos. Vamos a seguir apoyando la conservación y el manejo forestal, la reforestación y la investigación relacionada y la educación.